关于宅基地老房子拆旧建新的问题

我家以前的有两老房子是从村里投标买来的，是村里以前的仓库，仓库一排有4间，我家是头尾两间，中间两间是给村里另外村里的村民买去，后来2000年，我家向这位村民的两间给转买过来，到现在没办过户手续，但有当年的转让协议。这4房子年份很老了，破旧，一到下雨天，台风天都无法住了，当时村干部台风一要来，都来说到别的地方躲避，后来我家有了一点钱，再借了一点，在2006年把老房子拆了，造了到现在的房子，面积和老房子面积少了一点点等于不超老房子面积。但我们的房子造好到现在还没有办什么手续，和老房子中间的两间也还没过户。现在我们住的房子里面有户口有两户。这次村里干部来说我们家房子有违章要处罚，说是房子没过户，以一户一宅120平方，超出部分以折购价处理：120平方以20元处罚，加超出部分的按每平方500元处罚，而且是一楼到三楼面积算。我的房子120平方算还超20多平方等于是140多平方。问题是交20元处罚我觉得可以接受，按照一户一宅，我们有户口有两户等于可以240平方啊，不会超的。可现在他们说我家超了，我不服。请问好心师律和好心的政策知情人，我该怎么做。