紧急求助：甲方工资如何要回？

甲方以个人名义跟公司借款，预支给客户作为回扣（公司同意的），等客户支票到账后公司把钱汇到甲方个人账户再由甲方还给公司，在汇款时因甲方正忙，公司经由甲方同意把钱直接汇给当时作为出纳的个人账户再还给公司，但公司财务汇到了出纳的工资银行账户，不是甲方要求的账户，然后出纳拿了钱跑了，不承认这是原本属于甲方让他还给公司的钱，而是公司赔给他的工资，公司因甲方有一张借条在公司而扣甲方的工资作为向公司的还款，求助：甲方的工资问谁要？财务打款打错了难道不需要负责吗？如何要回甲方的工资？ 
    关于证据，甲方有当时借款的“现金借款单”，上面目的写的是：客户回扣，还款期限写的是：支票到账，当时客户签的合同复印件也有，然后还有一张“汇款通知单“，是当时回扣批下来之后，原本公司要汇给甲方的，只是在甲方的允许下直接汇给当时的出纳，由出纳直接还给公司，汇款通知单上有甲方的签字，但是财务汇款时汇错了银行，汇到出纳的工资卡账户（这个银行是可以查到的）而且汇款通知单上财务和总经理的签字都是款汇到了出纳账户上之后签的，而且在前一天款汇好后出纳就办理离职了。现在公司没查清楚一直扣着甲方工资，让甲方办不了离职，要求甲方个人去问出纳要这个款项，但是出纳不承认，说是公司赔给她的工资，请问怎样处理比较好？甲方因不想拖着离职不办，准备明天去公司先把当时的借款还上，办完离职再处理那个汇款的事，各位律师看可行吗？