对已经封顶的违章建筑该怎样处罚

没有影响土地规划用途的一般不会拆除，你陈述的情况应该只会罚款，你可以参照：
《城市规划法》第40条规定：“在城市规划区内，未取得建设工程规划许可证或者违反建设工程规划许可证的规定进行建设，严重影响城市规划的，由县级以上地方人民政府规划行政主管部门责令停止建设，限期拆除或者没收违章建筑物、构筑物或者其他设施;影响城市规划，尚可采取改正措施的，由县级以上人民政府城市规划行政主管部门责令限期改下，并处罚款。”