农村自建房过程中有关建房合同的纠纷

我家位于杭州农村地区，今年在造房子。造房前我爸把造初步水泥房承包给了水泥工，并且和包工头签了一份造房协议。造房协议上写明造3间3层尖顶房，外加条件是说木顶房按一层房算。而我爸当时有口头说过房顶不起墙不能按一层算，包工头听了也说不按一层算，但由于我爸当时比较信任他所以就没改合同内容，但双方签名了。造房过程中我爸要求水泥工造房时墙高3.2米，但后来造完实际测量只有3米，我爸指明是给造低了。但包工头却不承认我爸当时有这么要求过并且知道因为没有造访图纸还一直坚称是造3米而不是我爸所说的3.2米。不仅如此，现在还一直坚持要按合同协议上的4层算钱。房子质量和结构上有些小问题，我爸在结算工钱的时候要求他们把这些问题解决后再付款，因为协议上写明在保证房子质量的情况下付款。但现在包工头坚决不认这些问题，也不打算负责，然后就一直要求我爸付工钱，还带了一帮动工的人来闹说是讨工钱。
现在我想要知道，假如真的是打官司，那么是否一定只能按协议上的4层楼算？我爸当时口头上所提的要求他们没有完成并且否认了在没有没有图纸或写明高度的情况下是不是就不能算数？而房子质量和结构上的问题到底是不是算他们的责任？打官司的话是不是情况都是我方不利？