结算金额如何确定

您好！
现某建设单位与某施工单位就施工合同约定的结算金额的确定产生争议，想咨询有关问题。
具体内容如下：2004年4月16日双方签订《某公寓设计、采购、施工交钥匙工程（EPC）合同》，合同工期为2004年6月1日至2005年8月30日。该工程是两栋分别为12层和16层的高楼。2005年9月该建设单位使用了本工程的3层以上部分。本工程地下一层浴池、地上一层、二层商服的室内装饰及部分配套工程由建设单位对外进行招租之后再行施工，因招租未成功，该部分未施工，建设单位和施工单位约定就已完工程进行结算审计。施工单位先与建设单位委托的监理进行核对，监理部于2006年5月24日出具《工程竣工结算汇总审核表》，经审核的工程造价为53,924,282.04元，2006年7月10日建设单位基建部门把该工程的相关结算资料移交给审计部门，审计部门经过招标之后确定由某造价咨询公司（乙级）代为审核该工程，在招标过程中，发现施工单位缺少部分图纸和内业资料，经过联系施工单位后，施工方分别在8月18日补交通风、外墙石材图纸，在8月22日补交装饰图，在9月4日提交施工组织设计及方案。在2006年9月6日审计部门给施工单位发一份审计通知，让其为审计对帐做好准备。在9月12日正式进入审计对帐程序，同时审计部门组织施工单位和审核单位签订了审计协议书。施工单位与审核单位对帐期间，对每日的工作内容进行了签字确认，对其未施工的工程量也表示认可。对帐结束后，施工单位接收了审计报告，不承认审计结果。
建设合同约定“工程竣工验收报告经发包人认可后28天内，承包人向发包人递交竣工结算及完整的结算资料，双方按照本合同约定的结算方式进行工程竣工结算，应以经过发包人审计部门审计后的结算为准。”目前施工单位还有未完工的部分，并且没有工程竣工验收报告。
建设单位委托的监理合同约定监理工作内容为“工程质量、进度、造价监理”。
请问该种情况下，是应该以造价咨询单位审核的结果为准，还是以监理的结果为准。
望盼回复！