关于房产证和国土证分别不同名的问题

你的情况的确复杂，可否概括如下：
1、你购买的是土地使用权，并获得该土地使用权证书；
2、你所购买的土地原来该有房屋，只不过该房屋已查除，但房产证尚未注销；
3、你要在该土地上建房，如果建成，可能存在同一土地存在两个房产证问题；
4、你担心如果建成房屋，可能需要对前一房屋的贷款承担责任。
上述担心有一定道理，建议你首先要求国土部门注销原来的房产证，并按照工程报建的正常程序，申请有关程序。