建设工程规划许可证变更疑问

我家现在的住房是1997年建的私人住宅。土地当初是以奶奶的名义购买的，现在已过世。奶奶见我家没房就让我们建，建房原计划建两层给我们一家四口住的，所以当初的《建设工程规划许可证》是奶奶的名字，批了两层。建好两层后爸爸的兄妹提议多建一层给爷爷奶奶住，我们大家都同意就建了。由于我们钱不够，所以三楼的建房款爸爸的七兄妹都出了钱或材料，共一万多一点。房子建好后奶奶来住了半年多，爷爷不喜欢我爸，喜欢二叔就只住了半个月。后来奶奶不住后三楼一个房一直是放着小叔的家具，其余房空着。现在我家有事急用钱想办理房产证以便抵押什么的，土地证是改为我爸的名字了，但《建设工程规划许可证》还是奶奶的名字，所以房管要我爸和其余六兄弟姐妹签个同意爸《建设工程规划许可证》由奶奶变更为爸爸的协议。三楼建房款中有些叔叔、姑姑的钱我们已还清，但有一两个还没给。现在大姑认为她钱已还清，不参与纠纷。但其他姑姑叔叔提出我们要签这个协议要我们三年内给他们5万元才同意。想问问他们的主张合法吗？我们应该怎么办？还有，当初规划两层，现在想三层办下来卖掉应该怎么办？