由于不是很懂合同，对方集团分公司与我们签订一份合同，后来仔细阅读，发现有不妥的地方，这怎么办？

之前该集团分公司起草一份合同与我们签订，该集团另一分公司与我们签订合同，当时看内容差不多，没有仔细阅读就签字盖章了，一式四份，过了一段时间该分公司把其中一份合同拿过来说要修改一些地方，经仔细阅读发现一些不妥地方，不在对方修改范围内。运输方式有三条，前两条是由我单位进行运输，后一条是对方提货，双方选择第三条，然后安全协议及环保由我方承担运输过程中的一切安全、环保责任。选择第三条准确说对方在我们这提货，安全和环保应由对方承担才是，之前与他们分公司也是这样签订的。这份合同对方给我们的一份已签字但没有盖章，算生效吗？而且合同已经在履行了，只是合同还没有办好。