这房子怎么办

事情经过： 
  约1998年当地的一个全国性节制闸2期工程拆迁(应属省交通厅管理)，涉及拆迁户约100户左右。 
  本人是原住居民，城镇户口，原房系产私用楼房，有正规土地使用证和房产证，登记面积约250平左右，实际面积400平左右，当时家里5口人。 

  当时拆迁使用的是安置房政策，镇政府私搭安置房糊弄拆迁户，我家分到2套70多平左右的拆迁安置商品房(及一千几百块补偿费)，这房子至今都没发房产证也没有土地证，经查属于违建或小产权，而且原有房产证已被收走只有当年的拆迁公证书在手。 
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  原拆迁遗址还有未登记2间小房子没拆掉，后船闸工程完工后又沿线居民又在没拆掉的房子基础上盖起房子(都是空地，空地对面镇政府也利用起来建了一排商用门面，我也又盖了几间，周围邻里都达成协议各自画好的地界) 
  一直10年就这么过来了大家也没在意，如今听说又要做船闸3线工程了，又拆到我们新盖起来的房子，而大多数拆迁户都住在新的自建房里，请问 

这个该怎么算？，国家会不会承认新的房子，而政府原来的房子本来就违法，我们也不能买卖和抵压。
另外怎样争取利益最大化,有无法律保护依据？
谢谢