老房子手续办理

我家原有住房因20世纪90年代公路改建时部分被占拆迁了，当时拆迁部门和当地政府部门与我家签署了一份协议，协议内容大意是：我家可在原址建房，建房范围为前抵新修公路路边沿，左、右、后抵我家所有土地地边沿（原房屋后有一块自留地），由于当时规定不是很严格，我家老人法律意识淡泊，没有及时办理相关手续，直到新房屋建好后近十年听到别人家要办土地使用证和房产证才想到要去办理手续。在之后的几年时间里，我家老人先后到土地管理局、国土资源局、当地镇政府、市政府等部门咨询办手房屋手续事宜，但得到的结果是要么各部门相互推诿，要么就是告诉你要设计图纸等这样那样的东西，钱花了不少，但手续一直没有办理下来。最近这两年，我们兄弟因娶妻生子，新添了人口，住房不够用了，加上房屋老旧破损，想要拆旧翻新，再次去办手续，工作人员又说我家房屋面积超过了规定的面积，而当初的协议上没有写明多少面积，所以不给办。请问一下，我家这样的情况手续怎样才能办理下来，应该怎么处理呢？