关于甲方与乙方对数的问题

工程结算，现甲方委托第三方公司进行对数，甲方之前已支付部分工程款，现在问题是乙方不肯与甲方对数，原因就是之前甲方支付的部分工程款可能已经超出总工程款。造成这种的情况的原因就是因为竣工验收通过之后甲方发现乙方外墙以及室内地面没按图纸进行施工，照成两个合同内的工艺是没有做的，当时甲方是没有发现的，现在竣工验收后对数的时候才发现，现在甲方要把乙方没做的两个工艺的钱扣除，也就是最终结算可能乙方不但没有钱拿，而且可能还需要退回一部分的钱，现在问题是，甲方前段时间要求乙方来对数，发了一份加了公司公章的联系函给乙方，要求乙方在收到此函的3个星期内对此作出回应，派出专人进行对数，否则视乙方认可甲方送达的结算审核资料。现在甲方单方面约定的对数时间已经到了，乙方也没有对此作出任何的回应，现在甲方要求帮他们审核的公司对审核资料加公章，这样是否可行，后面的事情该怎么处理，我约莫着乙方是不会理会这份结算资料，现在还能怎么办，是否只能通过仲裁上法院，这样对谁比较有利。