国外派遣工作，项目提前结束，拖欠工资

本人与公司签订劳动合同，并签了一个补充协议，工作地点为安哥拉，时间为两年。补充协议里有一条如因个人原因不满两年提前回国，要赔偿公司两万。现在的情况是，公司的项目因为赔钱，老板不做了，问我们是提前回国，还是到另一个厂子（都是一个老板）去工作，我们选择回国。公司还拖欠我们三个月工资没发，现在公司以我们提前回国违约，而且老板说，当初可以安排我们去另一个厂子工作，继续旅行完合同（就是所谓工作满两年），是我们不去，以此为由，拒发工资，我们可不可以申请仲裁？这种情况，我们需不需要赔偿公司补充协议里的那两万？