被陷害成为嫌疑人之后查明证据不足以撤案请问案底如何处理。

帮朋友咨询三年前朋友被陷害成为强奸嫌疑人之后查明证据不足对方报假案，还被刑警队冒扣几起入室抢劫案，我朋友很肯定，发毒誓等等表明自己绝对没有做过，刑警队以撤案请问案底如何处理。如今我朋友办理居住证，出国签证都办理不了，甚至会连累子孙后代，请问这个案底该怎么删除，派出所办理证件等等都会看到案底办理不了等等，其实刑警队也开了一份证明，内容大致是，某某某同志身份证号码，系我对调查嫌疑人，后今了解对方报假案，给予撤案，另外入室盗窃罪是我对在录入记录中把某某某录成某某某，后今查实，我对及时修改，刑警队的公章。大致证明内容就是这样，请问个大律师大人，我朋友该怎么办，总不能永远带着那张A4纸证明吧。