客车超员的处罚

我是赤峰宁城的客运经营者，我所经营的车辆一次超员被交警查获，当时对我的处罚是罚款200元，司机驾驶证扣3分，随后交警对我的这一违法行为依据道路交通安全法对我所属的客运公司主管罚款5000元，（我们和公司有协议：对公司造成的经济损失由经营者承担）由于公司以前有其它车辆超员被处罚过，所以到我这就要交这5000元罚款。请问道路交通安全法第92条第4款所指的运输单位的车辆有超员超载经处罚不改的，对主管人员罚款5000元，是运输单位所有车辆出现第三台次的违法还是单车出现第三次违法，我所经营的车辆是第一次，但公司以前有超员被查处的车辆，我应不应该交这5000元罚款？交警还将这一事件抄告给了我们当地运管所，运管所驻汽车站办公室又对我罚款500元，请问这合理吗？