上海农村拆迁问题

律师您好！在1991年宅基地作新证时，我父亲在外地工作，（我母亲在我们小学时做了大手术之后带我们住在我外婆家接受外婆照顾），在我父亲不知情的情况下宅基地使用权证上登记了他兄长一个人的名字，（期间还共同出资修过房子，但现在大伯母不承认说忘记了，苦于我们没有留下证据，但村里有人曾经帮过忙知道这件事）（现在大伯父已在几年前过世）。在几年前得知宅基地使用权证上的名字是我大伯父之后，由此产生纠纷。在2011年老房年久失修，村里怕有危险，敦促翻修，于是在村书记主持下签了协议，证明房屋是由于当初在我父亲不知情的情况下作了新证，并如遇拆迁应享有各自所得。还签署了共同造房合同，如今遇拆迁了，竟然在未和我父亲有任何沟通的情况下把我家造的房子也强拆了。（强制拆迁通知书上的人是我大伯母）请问律师，我们打过民事官司，但法官说房屋已改变面貌不能析产了，那我们能告土规局他们侵犯我们私有财产吗？能打行政官司吗？告政府在宅基地使用权证时的过错，还我们被侵犯的权益吗？谢谢！