关于无房产证的房屋平方认定问题

我家是2001年在母亲的单位的土地上自建的正房二层楼上下共300多平，分2次自建，在加盖2层的时候，还罚了款。单位一直没有给办房产证，目前5口人居住，2015年现在要拆迁，单位说只能算145平，多出来其他的平方只能给很低的价格补偿，我想请问单位这样有没有违规操作，我自认为正房平方就应该统一按拆迁价格计算。