关于判决书中内容的疑问

A为原告，B被告。B有一幢6层高的私人楼房给A施工，包工形式。合同约定的房屋地基已经打好并开始起建一层，这时B说紧邻的一块空地也算在该幢房屋里一起加盖，口头约定工钱照旧，则A另外再做了一个地基（未签订协议）。此后B再次要求楼层高度增高0.5米，口头协议工钱，则A按B要求每层加高0.5米（未签订协议）。
现因为B拖欠原定合同约定款项2万多，及增高部分6万多和另一个基础2万多未给付A，且多次索要无果，遂将B上告至当地法院。（增高部分和另一个基础是由当时的工人出庭作证。）
第一次开庭，被告B不服，延后15天再次开庭，双方辩护举证。现审判书已下达，但是仅仅判了合同上确定的余款2万多，关于增高部分和另一个地基判决书给出的说法是事实不明，且注明第三方证人因与A是雇佣关系不予采纳证词。
请问：
1、第三方证言不予采纳是否合理？
2、关于判决书中增高部分和另一个地基事实不明是否恰当，楼房就摆在那里，怎么就事实不明？针对这点，在我上诉时我需要怎么做？
3、对方一次开庭后不服理由是工程质量问题，法院建议其做鉴定，对方放弃，但是针对第三方证言不予采纳，却未告知需要另外证明增高部分和另一个地基，这样合理么？