签两年合同，中途走人老板不支付报酬合不合法！

我是干远洋鱿鱼钓的，签的两年合同。于2014年12月23日出的海，到7月6日的时候我跟船长说不干了。因为船上打人，二副，渔捞长打我，包括厨师都把我打晕在地下躺了几分钟。就是前几天发现身上还有余伤，我拿手机拍了照片，但是不太清晰。由于鱼季已经结束了。要到12月份才有鱼，这时候我们都准备靠港了。我就跟船长说我不干了，再干下去我估计都活不了啦。我们从乌拉圭坐的飞机去的，和我一起回来的有四名船员，有一个是老板熟人，另一个是从劳务公司过来的，回去找劳务公司，我就是自己找到的这个船，等我回来后，我问老板说工资怎么算，他说我违约在先，拒绝支付工资。因为签的是两年的合同。合同上约定，每季度打一万，但是7个多月他才打一万。他说回来的飞机票都是一万多，该由我负责。我很气愤哈，我想问下我是该直接起诉还是该找政府部门！找政府部门的话该找哪个政府部门！