与我父亲的房产纠纷

你好，我们家是拆迁的，两套商品房，当时拆迁的时候我父亲的一套是用老房子低过的，另外一套则是我自己花了将近20万自己买下来的，没用我父亲一分钱，之后所有的装修费用也没用他一分钱，现在要办理房产证了，因为他是户主，而且他已经把他那套房子卖给其他人了，依据商品房的协议来说是不允许私自买卖的，现在我想问去办理房产证的时候，双方各自的资料名字分开（因为是两套房子，所以有两套房子的资料），我能否与我父亲两套房子的户主分开，就是他的那套写他的，我的那套写我的，经济上是没有任何往来的，谢谢帮忙。