1996年起的房子因是6层不批准建证

1996年起的房子，在邕宁区管理期间没有办理房产证，期间因地区由邕宁管改由南宁管，房产证一直都无法办理成功。土地证几经波折终于办好;但是因房子是六层，规划局一直不批准建证，可这是历史遗留问题，当初起房子的时候又没规定只能起五层，现在规划局要我拆掉六楼并且罚款才批准建证，我对这个处罚表示有异议。现在想咨询一下我这个情况应该怎么处理。