对这三次约定，到底如何适用？出让文件的约定是否还有效？

某次土地出让成交前，在出让文件中约定：全部出让金分两期付款，竞买保证金1000万元中的400万元转为一期付款，另600万元转为定金，待付二期款时定金又转为出让金。
    到了成交时，双方在《成交确认书》上约定仍为二期付款，但没有约定定金条款。
    再到后来签订正式《出让合同》时，仍为二期付款，但又约定定金不再是600万元，而是竞买保证金1000万元全部转为定金（且这里的1000万元又超过了主合同金额的20%），1000万元定金转为出让金，但未说明是一期转成出让金，还是二期时才转为出让金。
    因为这1000万元涉及到一二期违约金（滞纳金）的计算问题，
问题一：对这三次约定，到底如何适用？出让文件的约定是否还有效？
    二：到底这1000万元竞买保证金是直接在一期转成出让金，还是二期转成出让金？
    三：这1000万元出让金是全部转成出让金，还是部分转成一期出让金，另一部分转成二期出让金？