被篡改的协议书还能作为法庭证据起诉吗？

尊敬的律师：
    
    您好！

    我与某单位签署了一份工程协议书，协议书是在打字复印社打印的，协议书一共是每份三页，共八份，当时我在协议书第三页签字后，某单位说要拿回去盖章，因为相信他，所以让他拿回去了，但一直没有返回给我。由于彼此的信任，工程完工后，某单位拿着这份协议书起诉我，但这份协议书原件变成了四页。

    首先，我将该《协议书》进行了司法鉴定，认为：

    检验过程：四页《协议书》是使用黑色墨水喷墨打印机打印形成。经检验，《协议书》前三页上的打印字迹排版特点一致，而与第四页比较，可发现二者的左、右边距及上边距存在明显的不同，尤其是“%”的形态完全不同，反映的是分次排版打印形成字迹的特点；经VSC-I型文检仪检验，可见在400~540nm激发光、715nm接受光的条件下，《协议书》前三页上字迹黑色墨水的荧光反应相同，而与第四页上字迹黑色墨水的荧光反应不同（见附图片），第四页上的字迹墨水无荧光，而前三页上的字迹墨水则有荧光，反映的是使用不同种类墨水打印形成字迹形成的特点。

    鉴定意见：《协议书》第四页（尾页）上的字迹与前三页上的字迹不是同时一次性打印形成。

    第二，仔细查看该协议书发现，协议书中工程名称是打印的，但在后面还有明显的手写添加篡改行为。

    第三，该协议书内容及格式存在自相矛盾，有两次补充条款，第一次补充条款在第二页和第三页，第二次补充条款在第三页和第四页，但从内容上可以看出，第一次补充条款完全是约束我方，而在第二次补充条款中，可见双方约束。

    第四，《协议书》上的签署日期为2003年8月26日，但某单位的印章经公安局治安支队特种行业管理大队证明是于2003年11月11日审批后制作，2003年11月13日制作结束并交付使用。

    请问：1、《协议书》根据司法鉴定意见，是否能作为法庭证据。它的法律依据是什么？
          2、《协议书》有手动篡改行为，该合同是否还有效？它的法律依据是什么？
          3、《协议书》内容和格式有明显不符合甲方利益的约束补充条款，该合同是否有效？它的法律依据是什么？
          4、《协议书》某单位的印章是后盖上去的，之前没有印章，该合同是否还有效？它的法律依据是什么？

    谢谢，盼回复！！！