律师您好！本人所在公司已半年未发工资和缴纳部分社保和公积金，

你好，可以申请劳动仲裁。关于经济补偿的问题：每工作满一年，补偿一个月工资，满6个月不足一年的按一年算，不足6个月的，补偿半个月工资。是过去12个月全部工资的平均。违法解除赔偿金的标准则是按经济补偿金标准的二倍。至于你说什么时候申请仲裁是基于你的选择。