有两个身份证号码怎么办

我是重庆人。现在有两个新旧身份证（旧证已过期），而且号码除了生日之外都不一样。1996年上大学时迁到重庆江北区并办理了第一代身份证，后来2000年毕业后去了西藏工作，户口档案都迁过去，当地派出所为我们进藏工作人员全部生成了新的西藏身份证号码，并且变动了两次，由于工作效率原因，一直未能办理新的身份证。在2005年下半年报考重庆研究生时，只能用旧身份证报考，并在考上后于2006年9月辞职回来读研，户口迁入学校，由于旧身份证在2006年10月底失效，因此在校重新办理了新的第二代身份证，现在工作后户口迁到重庆南岸区。现在问题是：我以前读本科、研究生所有填报的数据都是用旧身份证号码，但现在本人已经换了新的身份证，两个号码不一致，我要如何证明自己的学历或相关证书是自己的？（网上查询证书只能用旧身份证号码，而新的其他相关报名要用新号码，导致新旧号码不一致，而无法报名）
希望能给个解决方法，谢谢。