是否还能要回自己的钱，如果起诉要以什么为案由

律师你好：事情是这样，我的一个朋友在一家公司任出纳，半年多时间吧，在盘账的时候账面上盘亏7000元，公司当时的处理方式是让其先补上，并承诺查清后再退还给她，朋友因为刚入会计这行，未经过太专业的学习，只考过一个会计从业资格证。阅历和经验不多，当时觉得问心无愧，一定能把事查清，所以就把钱交给公司了，公司给其一张标明“账面盘亏7000元”的收据，（有领导签字）。后来陆续查证了几笔，有近两千元吧，（查证后的款项未退还）但因为工作较忙及其它一些事（盘亏后我这位朋友已转到其它岗位），就把这事暂时放下了。然后过了一段时间，公司突然又通知其去查账，虽然她在场参与，但因时间较长有些事及凭证她也记不太清了，（她自己有一本每天进出款项的流水账，公司不采信）公司会计只是让其确认她任职期间的那些凭证及款项数额是否属实，然后就给出一个亏损又近两万元的结论，并让其签字，这次朋友很愤怒，要求彻底查清，但因为她自己能力所限吧，想请个专业的人来帮助其查，但公司未答应让外人来查的要求。该公司规模不是太大，在会计制度及凭证管理上有很多不符合要求及规定的地方，再加之朋友原来对会计的信任，可能未做到账目日结月清。同时它这里边有很多假账问题。虽然有她自己工作疏忽的原因，但其绝对没有贪污公司的钱款。
现在的问题是：她是否还能要回交上的那7000元，也咨询过本地的律师，有的表示好像没有充分的立案的理由（不当得利？），也问过一些人，但给的结论都比较消极，案件标的不算大，即使赢了执行可能也是问题，但朋友态度比较坚决不想罢手。一定要查明白
第一我想知道这种情况法院能否立案，如果立案应由谁来查公司的账目，是法院的人还是法院委托给会计师事务所，第二就是如果查账，那该公司如果提供假账怎么办，如何认定账目的真实性，当事人手里自己记的流水账能否被法院采信。
另外她干的出纳工作不是很复杂，就是通过银行或者现金（部分）收到钱后再按要求转到其它公司或者个人的账户上，再就是报销一些费用，大部分款项往来是通过银行走的。

恳请各位热心的朋友帮帮忙，朋友现在都快崩溃了，精神状态很不好，不是因为这点钱，而是不想受这样的冤屈，真的希望有比较熟悉民事及经济方面的律师给个详细点的解答。  不管建议如何，在此先谢谢大家了。