卖给我车的人欠车子公司钱现在他跑了，公司找我来还，怎么办？

我在2011年5月25日，买了一辆货车，当时因为急用就没有过户！卖车的黄晓军说他不欠公司的任何费用！双方就打了一个买车协议：转让协议：（今转让沪BB1622箱式货车转让给马国军，2011年5月24日以前违章和交通事故由黄晓军承担，2011年5月25日以后由马国军承担，验车费壹仟元由马国军付，黄晓军帮助马国军验车。2012年2月12日黄晓军无条件过户，费用由黄晓军承担，车子转让费一万元。然后双方签名。）  现在验车时间到了，我们今天早上去找黄晓军和挂靠公司，黄晓军先来了，我们就先给他一千元钱，但是他一拿到钱就说他不管了，就走了。他刚一走公司就来人了，他们说黄晓军以前欠他们5500元费用，我们就说车子现在是我们买下来了，以前的事找黄晓军，我们现在来验车和过户。但是他们却让我们给他5500元。我们不同意。他们就来了3个人在没有钥匙的情况下，强行打开车头发动机大火，把车子开走了。我们马上就报了案。警察让我们起诉他们。但是我们不懂什么法律，到底是起诉黄晓军还是他的那个公司呢？我们的车子现在还被他们给开走了，能不能给开回来呢？