农村荒地开发，产权归谁所有？

甲，1998年通过和村委签订的《土地出让协议书》获得了某荒地的开发权，但甲没有按照协议约定在一年内兴办企业（按照协议书要求，如未能够在一年内兴办企业，出让方有权收回土地），但是当时村委并未立刻收回土地，在一年后（2000年），甲的朋友乙在甲的同意下，在该荒地上进行开发建设，目前已经建设有厂房，同时，乙经过上级单位的手续获得了该土地的合法使用权和房屋的所有权（集体建设用地使用许可证和房产证），为何乙能够获得这些权利？这是否合法？甲应如何保障自己的权益？（注：甲当时获得的土地为2亩，而乙的土地使用证是6亩，乙土地包含部分甲当时的土地）。