医院非编制医务人员辞职是否要提交违约金

我在2014年在这里某所医院上班，2015年考了一次执业医师考试，失败了。今年想考完证之后就离开。按照与医院签订的协议，在医师证未在这里的医院注册前离开，需赔偿违约金两万，外加从开始到现在的每个月补贴金700元的总和。若不能赔偿以上金额，所考取医师证不能领取，还有档案不能转回去。我是想知道，如果真到了这一步，该如何去解决。