关于子女赡养协议纠纷

1991年，同一户口的父亲，儿子，儿媳，孙女分到一套60平米的两室一厅承租房。92年，大女儿住房狭小，想在今后分房中多分些房子面积，经与兄弟，弟媳商量后，将父亲的户口迁入自己家。后由于迁出时间不足，父亲的份额在98年的分房中没有派上用场，〔有分房估算单人口计算为证〕。2000年，父亲与儿子一家生活矛盾激化，父亲不愿意与他们住在一起，为了双方太平，大女婿起草了一份协议，即父亲让出在儿子那里居住的房间，儿子一次性拿出3万元作为经济补偿〔此金额为当时房价的四分之一〕，分开生活，今后的居住问题双方各自解决，互不干涉。此协议经由儿子一家及父亲，共计四人签字认可。几个月后大女儿将父亲接到由大女婿单位送给自家的商品房内养老，一住就是15年。期间，父亲的一系列生活费用都由他自行承担，大女儿只免费供他装潢好的住所，并平日照顾。前几天，91岁的父亲由大小女儿送进养老院，每月费用4660元从父亲工资卡和存款内支付。现儿子以92年开始父亲的户口不在他那里，他认为当时没有必要付3万元，想拿回3万元，并索要这么多年来的升值部分，共计40万元。索要不成就说父亲进敬老院，每月的费用应该由大女儿承担，而现在拿父亲的工资存款支付养老院每月的费用，就等于在用他这个儿子的钱。
我想咨询：
1.根据当年历史情况，父亲户口迁出承租房，但人还在里面居住，是否意味着父亲已放弃了居住使用权？
2.大女儿女婿为了平息儿子和父亲一家的矛盾，叫父亲让出居住的房子，儿子补偿三万元是否应该？
3.儿子反悔三万元的一系列说法是否合理合法？
4.父亲和儿子一家2000年签的那份协议是否有效？〔协议无公正〕
5.现父亲进敬老院，情况挺好，女儿叫儿子来商品房处置父亲个人物品，可他不理不睬，而女儿想卖房，该怎么办？