签完劳动合同后签的内部管理协议书有法律效力吗？违约金要交吗?

09年10月刚刚签了某国企。签的劳动合同中并没有规定违约金的问题。但是过了一天又签了一份协议书。协议规定：本协议期限为无固定期，即自签订之日起至退休之日止。 
因特殊原因解除本协议，要求借出方应提前30日以书面形式通知对方，乙方掌握甲方秘密和核心技术的，提出申请解除本协议应提前半年以书面形式通知甲方。 
乙方违约责任： 
如乙方违约，初级职称者赔偿甲方违约金5万元。 

如乙方经甲方派出学习，培训，进修，应另外赔偿甲方为乙方承担的学习，培训，进修，差旅，住宿等费用的10倍，及期间甲方向乙方支付的工资，各项保险，福利待遇等所有费用的十倍。 

未经甲方同意乙方擅自考取研究生，公务员或自行提出调离，辞职，单方面要求解除劳动合同者，视为违约，按违约责任处罚。 

还有，规定的见习期为一年。一年后转正。 

请问大家，这个后来签订的协议书有法律效力吗？ 
要是提前30日辞职的话，还要交违约金吗？ 

当时开会的时候，那里的领导说要是走人的话肯定要赔钱，而且要赔好多，以前走的人都交钱了。 

我打算在见习期内辞职，不知道要不要交违约金啊。 
快愁死了，违约金5万啊！ 

还有，见习期属于试用期吗？ 
合同中没有提试用期的事啊， 

感觉像被卖了一样啊， 

希望大家能够帮帮我，万分感谢！！