合同违反强制性规定时的效力如何

甲公司是一家技术开发企业，开发了一种新的生物菌种，可以软化秸秆、提高将秸秆转化为生物饲料时的效率。甲公司在报纸上刊登广告推广该产品。乙是一个农村村民，拟开办一个饲料生产厂。乙看到广告后，经与甲公司协商，双方于2002年3月订立了合同，由乙公司购买一批该菌种（价款2000元）。乙很快开办了一家饲料厂并将该生物菌种用于生产饲料。当地的县农业局发现后，认定该菌种是未经审批的饲料添加剂，于2002年8月依照国务院《饲料和饲料添加剂管理条例》（以下简称“《条例》”）第29条第2款的规定没收了剩余的菌种，并对乙处以1万元罚款。
乙于2003年6月起诉了甲公司。乙认为，该合同因为违反了《条例》的诸多规定，基于《合同法》第52条第5项，该合同无效。（1）依照《条例》第2条第2款的规定，甲公司所生产的生物菌种是一种新的饲料添加剂。根据《条例》第4条第2款的规定，其投产之前应当经农业部评审，合格后发给新饲料添加剂证书。而甲公司生产的生物菌种并未申请和通过上述评审。（2） 根据《条例》第10条的规定，生产饲料添加剂的企业，应当经省级政府饲料管理部门审核后，由农业部颁发生产许可证，进而由省级政府饲料管理部门核发产品批准文号。甲公司未申请并取得该许可证和产品批准文号。（3）根据《条例》第13条的规定，生产饲料添加剂的企业应当进行产品质量检验；检验合格的应当附具产品质量检验合格证，否则不得销售。甲公司所销售的生物菌种未附具产品质量合格证。（4）根据《条例》第15条的规定，饲料添加剂的包装物上应当附具标签，标明该条所规定的原料、成分等事项。而甲公司所销售的生物菌种包装上并无上述内容。
甲公司答辩认为，其生产的生物菌种的作用在于处理饲料原料，而非作用于饲料本身，因此，出于自己当时对法律的理解，认为其并非饲料添加剂，因而没有履行有关审批手续。在发生一些纠纷后，遂向有关部门提出申请，并已经在2003年5月取得了《条例》第4条、第10条所规定的手续。这足以表明，甲公司所生产的生物菌种本身是合格的。
     问合同的效力 和乙的诉称是否合理？