在部队发生交通事故未痊愈，迫于压力现已退役如何处理？

我弟弟今年20岁，武警某部义务兵，2009年6月某天因公随车出差，归途中避让，车辆撞树，造成驾驶员重伤，同行车乘人员仅我弟弟一名，诊断为：尿道断裂、骨盆骨折、左髋臼骨折、全身数处软组织损伤，尿道结石、性功能障碍。
    期间，因部队向保险公司索赔需要，为我弟弟办理了一次出院，出院记录为尿道断裂、骨盆骨折、左髋臼骨折、全身数处软组织损伤痊愈，其他未愈。
    后再次入院继续治疗，出院记录为软组织伤、尿道结石治愈、性功能障碍转院治疗。我弟弟也因此转院继续治疗性功障碍。
    在此期间，部队一直未通知家属所有进展，我及我父母均为自行前往探望。所有入院、出院、转院，我家里均不知情。只是已经办理后，我弟弟打电话回家，才得知。
    与此同时，我弟弟在部队也进入退伍阶时间段。因性功能障碍，部队为我弟弟办理了6级军残，并安排退役。
    在此期间，家人与部队提出交涉，鉴于我弟弟年纪尚轻（20岁）人生刚起步，宁愿不要伤残证，期望能治疗好后再退伍。理由如下：
    1、我弟弟脾气较犟，担心回来后适应不了社会，心理压力大。部队环境较封闭，可以帮助我弟弟渡过此段心理起伏期。
    2、为了顺利康复，治疗在同一家医院连续治疗为佳。
    为此事我们走访了中队与支队，得到答复为：退伍是肯定的，部队找了关系帮助评个残，转地方继续治疗。且在支队机关时，上午与支队首长表达了意愿后，当天下午，支队门岗得到指令，我们一到，直接转到XX参谋接待。XX参谋答复首长开会，且很久才能回来。
     在此期间，我们对部队评残依据《医院出院证》提出质疑。部队评残依据的是最后一份出院证，也就是“右大腿软组织伤、尿道结石痊愈，阴茎勃起功能障碍未愈，建议转院治疗”这一结论办理了军残6级。
    有医学常识的人，且尿道断裂的病例均表明治愈只能是阶段性的，后期若尿道狭窄仍需扩尿道，概率很高。也就是说，我弟弟是属于有可能定期扩尿管一类，军残评定等级应为4级。
    去咨询过主治医生，主治医生也认同此观点，但不能更改出院证，只能出具《诊断证明》作为补充。对此，部队对此证明不予理会，并送回医院，对医院声明，因《出院证》问题，如果发生意向，医院要负全责，要追究医生责任。
    后期家里见此状况，且部队坚持退伍，只能向部队索赔，并强烈要求部队重新鉴定军残。部队未采纳，并通知我弟弟，如果重新鉴定，可能什么也没有。现在好容易办了6级，再赔点钱，到地方协商安置工作，就算了结，家里坚绝不同意。几次回合，年仅20岁的弟弟经受不住压力，担心真的最后一无所有，只好同意了部队的协议，军残6级，赠偿3万作为了结，并不再追究此事。为此，我弟弟与我家里也闹翻了，让父母伤透了心。
    我得知我弟弟已签协议后，我认为此协议为显失公平协议，因为我弟弟只是20岁，无社会经验，并对一切事件及事后自身状况判断准确性较差。因后期治疗，特别是性功能这一块，对激素类药物依赖较大，医保不能解决此类药物的报销问题，且治疗也要到大型城市优质医院治疗，距离较远。故我提出补充协议：1、部队负责因后期治病产生的医保解决不了费用（含交通费）。2、保留因车祸导致的病情恶化申诉的权力。3、此补充协议与原协议同样有效。如果有协商解决不了事宜，转由相关法院仲裁解决。
    补充协议事宜，部队未与答复。
    请问各位高人，以本人观点是否成立？如果与部队通过司法解决，应如何办理？盼复！！