在法院指定了双方认可的鉴定机构，鉴定完了，对方却要推翻鉴定结果

我父亲是原告，被人打伤，在法庭上对方要求做伤残鉴定，于是法院指定了鉴定机构，双方均同意此鉴定机构，我方在指定的日期到指定的单位，提供相关资料，并进行了伤残鉴定，鉴定结果一段时间后到了法院，法院开庭审理，对方对此伤残鉴定结论没有提出任何异议，（当时做鉴定的时候，法院通知了对方，但是对方没有到场），对方只是住院期间使用的药物有异议，提出做药物鉴定，但是由于到另外一家鉴定机构，该鉴定机构要求我父亲做CT,检查肋骨是否断裂，我方以鉴定机构超出了鉴定委托范围拒绝鉴定。后来对方到法院里面找人，法院以进行伤情鉴定时，漏了所谓病例为由，要求重新鉴定（事实上我们给了鉴定机构全部材料人家才完成鉴定的），此时法院的法官收了对方的好处之后，也要求我们重新鉴定，这样合适、合法吗？ 我们若是让鉴定机构出具鉴定手续资料齐全，是否能够让我们的鉴定结论有效？
请有关人士指教,万分感谢！