有法院判决书，是否可以申请更改“集体土地建设用地使用证”

1988年我奶奶制定了“分家单”将北房三间中的东首一间归我爸爸所有，西首两间归我爸爸的二哥所有（三间房是一体的），以及我爸和我爸的二哥房子的四围。在1998年，村里大队对村里宅基地要求登记“村镇宅基地登记审批表（集体土地建设用地使用证）”，当时我父亲、我爸爸二哥都不在村里（户口都不在当村）也并不知道此事。在填写审批表时，村委会找到我爸爸的大哥，“村镇宅基地登记审批表（集体土地建设用地使用证）”中写谁名字也是由我爸爸的大哥决定的，既当时“镇宅基地登记审批表（集体土地建设用地使用证）”中并没有写我爸爸的名字，只写了我爸爸二哥名字。
    2007年我父亲得知后，将此事告上法庭，在2007年9月14日法庭判决:以分家单为准，将北房三间中的东首一间房子判给我父亲（但1998年村委会制作的“集体土地建设用地使用证”已经加入我爸爸的二哥名字了）。后来我们拿着法院判决书找到村委会，要求在“集体土地建设用地使用证”中加入我爸爸的名字，但村委会推脱我们找国土局解决，后找到国土局，国土局表示无法对“集体土地建设用地使用证”变更及加入名字。现在我们想翻盖给我爸爸的这间房和院子，却被我爸爸的二哥所阻挠，理由为：房子不能重新翻盖，因为“集体土地建设用地使用证”户主是我爸爸二哥的名字，意思是我们没有土地使用权。
    我的诉求是：
1、在时间顺序下，1988年分家（已明确写出四围），1998年填写和制作“村镇宅基地登记审批表（集体土地建设用地使用证）”，到2007年法院判决以1988年分家单为准进行的判决是否可以理解为1998年的房本是无效的，可以向法院申请向国土局出示的“集体土地建设用地使用证”加入我父亲的名字。
2、按照法院判决，原文如下：位于XX号院西边的北房三间中的东首一间归我爸爸所有，西首两间归被告我爸爸的二哥所有。在分家单中，我奶奶已写明房屋四围，法院判决没有提到院子（四围）的归属，是否可以理解法院判决是按照分家单中所写含有四围（院子）？还是只是单纯的房屋？
3、是否可以申请按照判决，由村委会或国土局申请将北房三间及分家单中写明的四围，分成两户？各单独制作“集体土地建设用地使用证”？
4、在此事当中，村委会和国土局到底充当什么角色？到底法律上有没有对此事有一个明确的定义和解决方法？