车被追尾，对方全责，车身损失应该由谁来出？

你好，事情经过：我车被大货车追尾，对方全责；现在车已修理好了，可车后面没法换新的，都是焊接的，车身直接损失3-4万，因为我是新车，一年不到，没超过一万公里。这个车损应该由谁出？出事故时有在保险公司签字，修车费用各自到保险公司报，后因对方问我要修车发票，打了一万给我，总共修车费用是16500元（现发票我直接拿到保险公司）
问题一：因后面焊接，车降了3-4万，这个费用应该谁来出？
问题二：本来应该保险公司打款给我（16500）现在对方在他自己那边叫保险公司扣了一万，只打6500元给我，我不同意，保险也打了很多电话过来，保险公司这样合法不合法？（自己打算把这一万算在车损的费用里）
问题三：现在对方说要告我起诉我，我这样算是违法？
问题四：我能不能也同时起诉要回车的损失？
本打算不想这么麻烦，包个红包就行，人没事就好，可对方态度不好，现在对方可能也要通过法律来解决。我应该要什么做才好？
  谢谢各位的解答：谢谢