纷争中的房基地不给与建造

几年前我家房地把地基起了起来，而后我们隔壁的房地也建基地，等他们建好后我们才发现他们已经占用了我两地基后面鱼塘的流水通道，我们与其分说，但他们却执意认为是我们占用了通道，而后我们找来了司法部门与镇政府部门来测量房地大小与到底谁占用了流水通道、经过司法部门与镇政府的测量我们宅基地并没有越线起房，而是他们占用了流水通道，但是司法部门一直没有给答复，我们两家再次起了争执，互相拆了对方的宅基地一角，这时司法部门却出来说我们两家因宅基地引发纠纷给予两家协商好了才能建房，协商不好一直就不能建，现在他们家在另外的地方买地起房了，一直不与我们协商，以至于我两家都没能批到可以建房的文件，我们现在想上法院起诉，因此想请教下，我们应该如何做。（我家起纷争的宅基地是我爷爷那时候跟现在与我家起纷争的家庭交换的，但是我爷爷当时认为是我们一个村的当时就没要到地契与相关证明，与至于至今我们没能拿出相关的有力证据而不敢向法院申请诉讼，所以我想咨询以这样的条件我们可以申请诉讼吗？申请后能有多少把握？）谢谢！！