股权转让合同纠纷

我公司与甲公司在14年签订了《股权转让合同》，约定：甲公司将持有的乙公司100%的股权转让给我公司，甲公司将乙公司的股权变更登记至我公司后，我公司在合同涉及的土地问题及政府的赔偿事宜处理完毕前不得将其持有的乙公司股权再行转让给第三方，如果未经甲公司同意，我公司将其持有的乙公司股权再行转让给第三方，甲公司有权要求我公司及其股东承担违约金40万元。
合同签订后，我公司与甲公司履行了相关股权转让手续。
我公司在15年9月未经甲公司同意，将持有的乙公司股权转让给丙（涉及的土地问题及政府的赔偿事宜还未处理完毕）。现甲公司得之转让消息后起诉我公司及其股东承担违约金40万元。
想请教律师我公司该怎样处理，在此感谢。