单位是否有权扣留毕业证

没有权利要求扣押证件，可以要求返还，否则可以向劳动监察大队举报。
劳动合同中如果没有培训条款和竞业禁止条款的约定，且用人单位支付过经济补偿，一律不需要支付违约金。单位约定的违约金条款无效，不需要支付。尤其是涉及到户口的违约金，都是违法的，无效，不需要缴纳。
有关培训的也是特殊的付费职业培训，如果经过此类培训的，需要赔偿单位支付过的培训费，数额以单位实际支出的赔偿费为最高限。但普通的上岗前培训不包含在内，也不需要支付违约金。

法律依据：《劳动合同法》第九条　用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。第二十二条　用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
    劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
    用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。
    第二十三条　用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
    对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。  第二十五条　除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
    单位无权扣留你的任何证件和档案，并且除了上述法条中的两种情况外单位无权让员工缴纳任何违约金。建议你立即去当地劳动监察大队举报，请求要回单位未给你发的工资，要求单位归还证件和档案，这是目前最快的途径。