公司不按制度发工资，想辞职但是又在实习期时签了服务协议，怎么办？

我在4月应聘了一份硬件维修工程师的工作，当时公司下发了一份工资结构的说明文件，还让我们看过后签上名字，说以后发工资按这个文件发。我在文件上签了名后公司回收了文件。文件上有两项奖励：一是当月零配件在两个工作日内及时归还的话，奖励200元/月，二是当月按照预约的时间及时到达客户现场进行维修的话，奖励500元/月。4到6月因为是实习期（当时我还没毕业），发的实习工资；7月份时7月15号我签的合同，结果公司说工资分两部分，上半月实习工资下半月正式工资，我也就忍了没去计较。这个月15号发了8月份的工资，我查工资条发现我按要求去做了但是没有发这两项的奖金。找经理问结果他说要完成销售任务才能拿，但是当时那份文件上根本没有这个要求。
现在越想越气，想辞职。但是实习期间公司让我们去参加一个维修服务器的培训，当时签了服务协议一年，违约了要付违约金，当时我也没想太多忘了拍照留底，但我记得协议上说了从培训结束之日起开始算时间，我培训结束时是5月末，还是实习生。现在的问题是，这份服务协议究竟是否有效？如果有效，我想辞职的话应该怎么才能绕开这个协议？我现在手头上有工资结构说明文件的电子版，以及7月15号签订的劳动合同（派遣合同，合同上只写明基本工资1400），如果申请劳动仲裁的话能不能赢？