两张借，只还一张借据的钱，另一张借据的钱不还

本人在08年1月份借10万元给朋友.借条分2张写.每张5万.第一张借条在08年9月15日前还.第二张借条在09年1月15日前还.问题在于他在08年9月15日还了第一张借条5万元时,第一张借条原件他取走,还要我写一张,收到5万元的收条给他. 
现在他拿着这张5万元收条,不还第2张借条的钱.讲已全部付清.现在我只拿着第2张借条原件. 
请问我现在该怎么办????? 
还有我做错了一件事就是,他还第一次钱时,我还了原借条给他,还写了一张收条给他,这张我写给他5万元的收条对我会不会造成麻烦?他现在就是拿着这张收条说已还清钱? 
另外,我和他有一份协议,我将股份转让给他,他分2次将35万元出资资金还给我.我现在可否讲,上面还的钱是出资资金的一部分.这样好,还是上面直接讲好?因为,他还钱时,是用银行柜员机过数的.有一部分是给现金的,有些是有收条.银行过数是无收条. 
我想问我现在该点讲清.我写给他的那5万元的收条? 
请指点!!!