已经提交了辞职信，但是后来公司说是开除我，他们这样做是否不合法？

律师，你好！
  我原本在一家日企工作，今年1月29号已向上级领导提交辞职信，期间从2月20号到27号由于生病，休了病假（开给人事部7天的病假单），我原来也还有5天半年休没用。昨天见原公司迟迟没有通知什么时候去办理离职手续，所以打电话去人事部，人事部说没有接到过我原所在部门关于我辞职的通知。后来接到同事电话说我原部门的科长叫我抽空去一趟公司办理离职手续，但是他说这是开除我，不算我辞职的，会一次性给我抚恤金。但是我想开除应该会寄到个人档案里的，总归是不太好的。请问我到二月底是否自动离职？他们这样做是否违法？我应该怎么做？
  我有些担忧，请帮忙解答，谢谢！