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第1条 本办法依商港法(以下简称本法)第十五条第二项规定订定之。
第2条 商港管理机关应就入港之船舶、离境之上下客船旅客及装卸之货物，依本办法之规定，收取商港服务费。但下列商港，免予收取：
一、依离岛建设条例由中央政府或离岛建设基金编列预算兴建者。
二、公私事业机构自行投资兴建者。
第3条 商港服务费之收费项目，分为船舶、旅客、货物三项，其缴纳义务人分别为船舶运送业、离境旅客、货物托运人。
第4条 国际航线之船舶商港服务费，依该船舶每次入港时之总登记吨位，以每吨新台币零点五元计收。
国内航线之船舶商港服务费，按前项费率之四成计收。
第5条 旅客商港服务费，于该旅客每次离境时，以新台币四十元计收。
第6条 国际航线之货物商港服务费，其收费项目分为散杂货、整柜货、并柜货三项。
散杂货、整柜货均依附表之规定，收取其货物商港服务费。
并柜货货物商港服务费，依该货柜内不同货物之计费吨数量，以每吨新台币八十元，分别计收。但每一笔报单应缴金额不足新台币一百元者，不予计收。
国内航线之货物商港服务费，依国际航线之货物商港服务费费率之四成计收。
第7条 下列入港之船舶，免收船舶商港服务费：
一、政府使用之公务船舶或经政府征用或雇用之船舶。
二、经商港管理机关认定确属运载救济物资之船舶。
三、因避难而入港之船舶。
四、为紧急医疗求助或机件抢修而入港之船舶。
五、总登记吨位为七百吨以下之船舶。
六、购入或出售专供运输使用之船舶。
第8条 下列离境旅客，免收旅客商港服务费：
一、总统、副总统及其眷属。
二、享有特权待遇之外国机构、国际组织之人员。
三、政府驻外机构之人员。
四、不足二岁儿童。
第9条 下列货物及容器，免收货物商港服务费：
一、总统、副总统使用物品。
二、驻在中华民国享有特权待遇之外国机构、国际组织及其人员之公用或自用物品。但以各该国对中华民国给予同样待遇者为限。
三、外交机关之外交邮袋。
四、政府驻外机构人员所携带之自用物品。
五、军事机关保管之军用武器、装备、车辆、舰艇、航空器与其附属品及专供军用之物品。
六、政府机关或公益、慈善团体赠与或受赠之救济物资。
七、办理退货复运进口之外销品。
八、转口货物。
九、纯供容器使用且非以买卖或租赁为目的之空货柜。
第10条 依前三条规定免收商港服务费者，无法由商港服务费收费系统辨识时，缴纳义务人得于商港管理机关填发商港服务费缴纳单前，或商港服务费缴纳单送达缴纳义务人之翌日起十日内，检附证明文件，向商港管理机关提出申请，经审核符合免收范围者，准予免收。
第11条 国际航线货物商港服务费，应由缴纳义务人于货物进出口时，向商港管理机关办理申报。
商港管理机关为收取前项货物商港服务费，得经由通关网络联机接收进出口舱单及自海关联机接收进出口货物放行通知讯息等之必要计费资料，制作国际航线货物商港服务费申报单，并于核定后填发国际航线货物商港服务费缴纳单。
前项所需计费资料，缴纳义务人或其业务代理机构，亦得经由其它网络连线提供。
缴纳义务人未依前二项规定提供申报资料者，应检附进出口报单填具国际航线货物商港服务费申报单，向商港管理机关办理，并由商港管理机关于核定后填发国际航线货物商港服务费缴纳单。
国内航线货物商港服务费之申报，应由缴纳义务人或其业务代理机构于船舶装卸货物时，填具国内航线货物商港服务费申报单，向商港管理机关办理，并由商港管理机关于核定后填发国内航线货物商港服务费缴纳单。
第12条 商港服务费之收取作业，由商港管理机关办理，并由缴纳义务人以下列已开办方式缴纳：
一、商港管理机关临柜现金缴纳。
二、指定金融机构缴纳。
三、电子网络收费。
四、其它缴纳方式。
第13条 商港管理机关收取商港服务费，应于每月十五日及月底前，汇齐径缴交通部于国库开立之机关专户，并于缴库后之次月五日内，造具收取月报表，送交通部二份。
交通部于必要时，得派员稽核商港管理机关之收取作业。
第14条 商港管理机关得提拨商港服务费总额千分之十，专款专用于商港服务费之收取作业相关经费，另得提拨千分之五，交由行政院劳工委员会运用于提升港口相关工会人力服务品质之相关事项。
商港服务费之收入扣除前项经费后，应全部用于商港建设，其用途如下：
一、防波堤、航道、助航设施或公共道路等商港重大公共基础建设工程之补助。
二、基于港埠政策需要之商港建设补助。
三、其它航港建设及发展之补助。
四、商港服务费之收取作业费用。
第15条 本办法自中华民国九十一年一月一日施行。
