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一、实行所长负责制
科研所在进行整顿的基础上，实行所长委派制或选举制，报上级批准，任期三年，可以连选连任。不称职或严重失职、渎职的，经上级考核批准可随时罢免。所长有决定人事、业务、财务等方面的权力，对本所的科研业务工作负有全责。副所长、室主任由所长提名、任命，不称职的可随时撤换。
所长根据本所需要，向上级提出需调入的科技人员名单。调入特需的科技人才，人事部门应当允许，并给以支持。所长有权拒绝接受上级部门派来的不适宜搞科研的职工。
所长有权根据科技人员的科研成绩和水平，向上级主管部门提出晋升或撤销其技术职称的建议。
二、鼓励科技人员合理流动
研究所有权聘请外单位科技人员进行合作研究、咨询服务或兼职、担任顾问等。还可根据需要短期或长期聘用退休工程技术人员和自学成才者，双方签订合同，不需要时可予辞退。对不适宜搞科研的人员，根据所长的意见，由上级主管部门调出另行分配工作，或由所组织科研性生产及社会服务。今后研究所需要的工人，主要用合同工、临时工、少用固定工。
三、对以应用、开发研究为主的研究所，逐步改事业费开支为下达科研任务有偿合同制。
国家和主管部门对科研所的投资(包括原事业费和科技三项费用)与科研任务直接挂钩，科研所承担上级下达的科研项目，由下达任务的部门按合同拨付科研经费，并实行有偿或部分有偿使用。按合同完成任务的，给予合理报酬，超额完成的有奖，完不成任务的受罚。
科研所的研究课题及各种技术服务项目，一般应层层承包到研究室、研究组和科技人员个人，严格实行以承包为主的责任制。
对社会确实需要的研究周期较长以及应用理论等方面的研究课题，按既定任务完成的，允许从经费中提取一定比例的奖金。
进行这种改革的科研所逐步实行企业经营，自收自支，自负盈亏，建立起自己的科研基金。
对农、医方面一些社会效益大、经济收入少的研究所以及基础理论研究课题，通过科研基金的形式，按合同项目拨款或资助。
四、扩大科技服务范围、广辟资金来源
科研所在保证完成国家和主管部门下达的科研任务的前提下，可广泛承揽外行业、外部门、外地区以及外省市的科研项目。科研成果属国家所有，首先保证本行业、本地区、本部门使用，也允许向外行业、外部门、外地区和外省市有偿转让。要广泛开展多种形式的技术咨询服务。通过成果转让、课题承包、成果推广后的经济效益提成、销售中试科研产品、咨询服务等多种渠道取得经济收入。
科研所应欢迎其他单位或个人，包括本所职工、社会名流、学者教授以及港澳同胞、外籍华人的投资或援助，双方签订互利互惠契约或合同。
科研所可与厂矿企业、农村建立科研生产联合体；可以办卫星厂，进行新产品中间试验或生产，实行利润分成。
五、扩大科研所的分配自主权
科研所实行职务津贴。有权给贡献突出的职工升级或向上浮动工资，也有权对长期完不成任务的职工降级或向下浮动工资。
奖金总额不再按标准工资总额的一定比例控制，应随科研所成绩大小和收入多少浮动，上不封顶，下不保底。停止使用综合奖，根据各研究室、组和个人承包任务完成情况、贡献大小发放奖金。
六、国家和主管部门对进行改革的科研所实行多方面的扶持政策为了保证科研所能够休养生息，增殖实力，不划拨事业费的，五年内收入不征所得税；划拨事业费的，年纯生产性收入在十万元以下的，五年内不征所得税，超过部分依率计征。上级主管部门不提取他们的收入，其纯收入留给研究所，主要用于改善研究手段和办所条件，积累科研资金，并可按比例提取职工福利及奖励基金。银行要为研究所提供优惠贷款。大学毕业生的分配要优先照顾研究所的需要。
鉴于目前研究所物质技术条件较差，缺乏中间试验手段，国家对研究所的基本建设和固定资产的投资在三、五年内应逐步适当增加，不能因改革科研体制和经费使用办法，而削减投资。
计划、经济、财政、劳动人事等部门，要大力支持改革试验。
