随着国际农产品贸易市场的竞争加剧，各国贸易壁垒的种类繁多，不断创新，如食品检验标准、国有贸易问题、基因工程作物以及劳工和环境标准等等均构成了新的农产品贸易壁垒，特别是国外
基因工程技术的发展，对传统的农产品贸易产生了现实的和潜在的巨大影响，这对以传统农产品贸易为主的我国农业而言，将减弱农产品的竞争力，使出口的国际市场份额萎缩，甚至于有些农产品已经被迫退出市场，这是我国农产品出口发展的一个实质性障碍的因素。 （三）农产品出口结构不合理，经营模式分散
我国农产品以初加工产品为主，深加工能力不强，而深加工的价值及其附加值较初加工产品的大的多。在出口的农产品中，初加工产品占到80％，而深加工产品仅占20％，造成我国农产品出口结构不合理，影响了我国农产品贸易的整体品质和收益。此外，我国农产品深加工技术和设备较发达国家相比尚有较大差距。例如，发达国家已普遍采用了水果摘后预冷、贮藏、洗果、涂蜡、分级和冷藏运输等规范配套的处理方式，产后商品化处理量几乎达到100％，而我国包括简易的手工分级在内的商品化处理量还不到总产量的1％。农产品加工的技术和设备问题增加了我国农产品的成本，也影响了农产品质量的提高。
此外，我国农业生产经营主体仍然是极其分散的农户，小农经济的长期存在使绝大多数出口农产品的生产仍属于传统的以家庭为单位的个体经营方式，缺乏一种能够把农民以家庭为经济单位组织起来的流通合作组织，缺乏具有流通经营实力的农业企业参与国内外市场的销售。此种分散经营模式不易形成规模效应，不利于成本的减少和资源的合理配置，制约了我国农产品贸易的持续发展。 二、多边贸易体制下我国农产品贸易发展面临的问题和挑战
（一）多边贸易体制下的贸易保护主义
农产品贸易已不仅是一个纯粹的经济问题，还是一个敏感的政治问题。首先，在灾害、饥荒等短缺时期，各国通常采取出口限制以保证国内的食品供给，一国从国外进口食品的渠道被封闭，自给自足便成为贸易保护的借口；其次，工业化过程中的资本增长和技术发展使工业生产的机会成本下降，而农业生产的机会成本相对上升，其比较优势随着工业劳动生产率提高而逐步丧失，而农民的收入主要来源于农业，农产品贸易的发展直接关系农民的生存和福利；在西方普遍代议制的国家，农产品贸易问题常常成为各政党为农民选票之争而关注的问题，农产品贸易保护也成为了院外活动力量有效游说的结果。尽管农产品贸易纳入到了多边贸易体制下，向贸易自由化迈进，并达成了《农业协议》，但由于贸易保护主义是各国经济、政治发展不均衡以及国家和民族利益的差别和矛盾，决定了《农业协定》不可能实现完全意义上的自由贸易，它只是成员间利益妥协的结果。因此，多哈发展议题中的农业问题在后续谈判中也常处于一种利益尖锐冲突的尴尬处境。