补贴方面，由于我国1986－1990年的农产品价格低于国际市场价格，美国由此推断我国对农产品存在较大的补贴，要求在入世后取消全部出口补贴，不享受普通发展中国家享有的在1995年－2004年的10年间，将有补贴的农产品数量减少14％的待遇，中国接受了这一要求。在中国入世议定书中，中国承诺对农产品出口不实行补贴。
反观美国和欧盟，都保持了一定数量的出口补贴，而我国重要农产品（尤其是粮食）的资源配置又缺乏效率，生产成本以平均每年10％以上的速度逐年递增，小麦、玉米、大豆、棉花、油料、食糖料等大宗农产品的国内价格已高出国际市场价格，出口补贴的取消，进一步削弱了我国农产品的国际竞争力，在国外农产品打开我国内市场之际，又无法加强外销，造成了大量农产品的积压，粮食剩余区增加，国内市场供求严重失调等问题。
（四）我国国内农业支持政策薄弱
我国长期以来采取农业支持工业的产业倾斜政策，对农业支持重视不够、效果不明显，极大地影响了我国农业出口竞争力。
在农业国内支持数量上，从1996年－1998年我国对特定农产品的年平均AMS为－252亿元，也就是说，政府对农民不是采用价格支持而是低于国际市场价格的国家干预价格，从农民手中掠夺走了252亿元的利益；现在我国政府每年对农业实际补贴率虽为财政支出的2％－3％，但仍大大低于8.5％的入世承诺标准，仅相当于欧盟的1/10，美国的1/4，这样的支持水平是很难适应发展优质农业、增加农民收入的需要的。
在农业国内支持措施的适用上， WTO贸易规则规定的“绿箱”措施共有11类，而我国目前仅使用了6类，还有5类没有启用，“黄箱”措施的适用也很少，即使已经适用的“黄箱”措施，其实施效果也不尽如人意，比如，对农民收入的直接补贴很少，主要采取间接补贴。同时对农民培训的支出力度不够，仅占一般政府服务的2.1%,导致农民的人力资本匮乏，对农业补贴采用“暗补”，即通过补入流通、服务“折射”给农业和农民的方式也是对农民开发、经营土地，推广应用新品种、新技术、新工艺，推进农业产业化、集约化经营，实现农业的“两高一优”的目标帮助甚微的。失去了以农业补贴政策措施给农民直接提供“激励——约束”机制的机会；此外，我国农业补贴重点不够明确，补贴几乎涉及到化肥、农药、农膜和种子等农业生产资料的诸多方面，并且未区分地区和人群，对农业结构调整补贴力度欠缺，即使是农业产业化的龙头企业也同样面临资金紧缺的状况。[6]