1997年，清华大学制定了知识产权管理办法，对专利、商标、著作权等知识产权的归属、使用、管理、保护等做了比较详细的规定。

　　在“清华”品牌的保护方面，1997年，清华大学在教育、科研服务类申请了国内商标注册，并于2005年向近40个国家和地区申请了商标注册。其中，清华大学在香港申请的教育服务类、科研服务类和印刷出版物、教育用品类“清华”等商标，已经于2006年9月5日被核准。尽管如此，“清华”还受到诸多的“假清华”不胜其烦的骚扰。

　　有调查显示，清华大学校、系两级公司有39家，但在北京海淀工商分局登记注册冠以“清华”、“清华大学”等名义的公司却有204家，它们绝大多数与清华大学毫无关系。而一次哈尔滨工商执法人员在突击检查当地太阳能热水器销售市场时，就发现打着“清华”品牌的热水器多达10余种。而众多消费者表示，他们之所以购买这些商品，无疑是冲着“清华”的名号。

　　漫长的反侵权之路

　　到目前为止，我国的法律、法规还没有关于高校名称保护的专门条款，该如何破解清华大学多年遭受侵权的难题，这成为清华大学负责知识产权保护人员“迫在眉睫”的课题。

　　由于驰名商标在行政和司法上能够得到特殊保护，在保护无形资产方面具有重要的意义，因此，清华大学知识产权管理办公室成立之后就将争取驰名商标作为首要任务。

　　2003年，山东某自然人向国家商标局申请注册“清华智慧”商标。清华大学在得到这个消息后，马上对该注册申请提出了。鉴于该申请人注册的“清华智慧”范围在视听教学仪器等，而清华大学“清华”商标的使用范围为教育服务、科研服务，清华大学知识产权管理办公室利用这个时机，请求工商总局商标局认定“清华”为驰名商标，从而不予核准“清华智慧”商标的注册申请。

　　但提出申请后，清华大学知识产权管理办公室又遇到了一个难题：由于当时中国从没出现过认定教育服务类驰名商标的情况。对于没有先例可以参考的困难，清华大学决定做第一个“吃螃蟹”的探索，针对教育服务与一般商品的不同特点，他们做了大量的材料准备工作，先后整理出5000余页的证明材料提交商标局，并与上级管理部门进行了充分沟通，力图从法律要求的各个方面证明清华大学“清华”商标的驰名性。

　　经过3年多的持续努力，“清华”商标最终在2006年10月被国家商标局认定为驰名商标。