(一)关于申请人资格问题

　　行政复议与行政诉讼都是为保障公民、法人和其他组织免受行政机关具体行政行为侵害而设置的制度，除复议终局的具体行政行为外，行政诉讼对具体行政行为合法与否具有最终裁决权。因此，行政复议申请人与行政诉讼原告应当具有一致性。但行政复议中对申请人资格的认定和行政诉讼中对原告资格的认定不一致。根据《行政复议法》第2条的规定，公民、法人或者其他组织(申请人)认为具体行政行为侵犯其合法权益的，有权提起行政复议。再结合该法第6条的规定看，行政复议申请人的资格仅限于具体行政行为的相对人，与《行政诉讼法》关于原告资格的规定基本一致。但在《行政诉讼法》的实施过程中，理论界已经看到在原告资格认定上的问题，并建议将原告的资格界定为所有与被诉具体行政行为有法律上利害关系的公民、法人或者其他组织，最高法院关于行政诉讼法的司法解释则完全采纳了学界的意见，在其第12条中明确“与具体行政行为有法律上利害关系的公民、法人或者其他组织对该行为不服的，可以依法提起行政诉讼”，这种关于当事人资格认定上的差异所导致的结果就是对于同一个具体行政行为按照《行政复议法》的规定相对人可能无权提起复议，而按照最高人民法院的司法解释他又可能有权提起诉讼。此外，最高人民法院的司法解释还进一步明确了一些特殊的行政纠纷的原告资格，比如，同案原告为5人以上，应当推选1至5名诉讼代表人参加诉讼，在指定期限内未选定的，人民法院可以依职权指定。这一规定解决了行政诉讼中集团诉讼的诉讼代表人的资格及其产生办法;再如，联营企业、中外合资、或者合作企业的联营、合资、合作各方，认为联营、合资、合作企业权益或者自己一方合法权益受到具体行政行为侵害的，均可直接以自己的名义提起诉讼;非国有企业被注销、撤销、合并、强令兼并、出售、分立或者改变企业隶属关系的，除该企业可以提起诉讼外，其法定代表人亦可提起诉讼;股份制企业的股东大会、股东代表大会、董事会等认为行政机关作出的具体行政行为侵犯企业经营自主权的，可以企业名义提起诉讼，等等，这些规定都是在行政复议制度中至今尚未明确的内容，要保持行政复议与行政诉讼的协调，行政复议制度就必须吸收行政诉讼制度中的这些有益的规定，否则不仅会造成行政复议不能受理而行政诉讼恰可以受理的局面，而且会使一些已经受理的行政复议案件无法顺利审理(如集团复议的案件)。

　　(二)关于“自动受理”问题

　　行政复议法关于“自动受理”的规定对保护申请人的权利、提高行政效率具有积极意义，但在实践中申请人往往无从监督复议机关是否受理。因为法律并没有规定复议机关收到复议申请后应当出具收函。因此许多复议机关从方便本机关角度出发，不愿向申请人出具收函，这样申请人便无从证明复议机关是否收到申请，“自动受理”的规定也就流于形式，因此，行政复议法应当明确：复议机关收到复议申请时，应当向申请人出具收函。除此作为复议机关的一次法定义务，“自动受理”的规定才能得以落实。

　　(三)关于审查程序问题

　　在审查程序上除书面审查外，还应当明确开庭审查，同时明确应以开庭审查为原则，以书面审查为补充。在条文规范上，应明确书面审查的范围(如事实清楚、案情简单的;实行书面审查申请人无异议的等等)，除此之外，均应实行开庭审查。在具体的开庭审查程设计上，可参考行政诉讼开庭审理程序，但不能照搬，应体现效率要求。以下几点应在开庭审查程序而明确：

　　1、申请人的回避权、陈述权、辩论权、举证权、申请重新鉴定权等程序性权利;

　　2、开庭3天前通知(书面或电话)申请人、被申请人开庭时间，审查人、记录员姓名，并明确申请人的回避申请应在开庭前提出;

　　3、开庭由1人或3人审查，1人记录;

　　4、庭审顺序按以下程序进行：申请人陈述，被申请人答辩，第三人陈述，申请人举证、质辩，被申请人答辩，第三人举证、质辩，最后陈述。申请人提出重新鉴定申请的，终止开庭程序，待鉴定结果出来后再行恢复。庭审应制作记录，交由复议参加人签名(盖章)。

　　(四)关于决定的种类

　　《行政复议法》取消了“补正”决定形式。原《行政复议条例》第42条规定：对具体行政行为有程序上不足的，可以决定被申请人补正;违反法定程序影响申请人合法权益的，可以决定撤销或变更并可责令重作。该规定将程序的违法情形区分为两种情形并且予以不同的对待。而《行政复议法》只是笼统地规定：对违反法定程序的，决定撤销、变更或者确认违法并可责令重作。这种规定看似严格要求行政机关依照法定程序行政，实则是一种立法思维的简单化，只看到了违反程序的一个方面，而没有考虑到执法成本、效益、当事人的权益保障等多方面的因素。

　　根据现代学者的观点，不再拘泥于过去的形式主义而对违法的行政行为动辄宣告“无效”或撤销，而是注重公共利益和对公民依赖的保护，并顾及行政行为被撤销后对社会所造成的影响，尽量设法维持违法行政行为的效力。对程序有瑕疵的行政行为， 往往区分不同的情形而予以确认“无效”(严重违反程序的)、撤销或补正，其中尤为注重补正措施。如德国、葡萄牙和我国台湾、澳门地区的行政程序法对有程序瑕疵的行政行为的补正都作了细致规定。借鉴国外的补正制度，我们认为，应区别违反法定行政程序的程度以及不同的阶段，分别采取不同的态度。对严重违反程序、违反主要程序、违反程序影响到当事人权益的，相应地确认“无效”或者予以撤销;对较轻微的违反程序行为，可以有限制地承认其效力，即承认补正的变通办法，而不是采取绝对的做法。当然，补正是有限制条件的，必须是已对违法或错误予以纠正且纠正的时间是在起诉或判断程序之前。承认补正，与到行政诉讼阶段判决“撤销”并不相矛盾。在行政程序和行政复议阶段，应允许行政机关有自我改正的机会。因此，《条例》第42条所作的“对程序不足的责令被申请人补正”的规定是值得肯定的，以避免行政行为不必要的重复。

　　(五)关于违反程序的责任追究

　　对违反行政复议程序的责任追究要将复议机关责任与直接责任人的责任统一。由于《行政诉讼法》规定“经复议的案件，复议机关决定维持原具体行政行为的，作出原具体行政行为的行政机关是被告。”《中华人民共和国国家赔偿法》对赔偿义务机关的规定，亦为：“经复议机关复议的，最初造成侵权行为的行政机关为赔偿义务机关，但复议机关的复议决定加重损害的，复议机关对加重的部分履行赔偿义务。”因此，复议机关即使违反行政复议程序(如超期复议)，只要其作出维持具体行政行为的决定，即可既避免当被告，又避免成赔偿义务主体，这样，使得在复议实践中一些复议机关即使发现被申请人的具体行政行为有违法情况，也作出维持的决定，使得行政复议的救济功能得不到体现。为改变这一状况，应在行政复议程序中明确：申请人认为复议决定是违反程序作出的，也可将复议机关作为诉讼被告或赔偿义务机关，经人民法院审查，认定复议机关确实违反复议程序的，应确认复议决定违法;申请人提出赔偿请求的，复议机关也应作为赔偿义务机关承担相应的责任。这与《国家赔偿法》的规定即国家机关违法行使职权侵犯公民、法人或其他组织的合法权益的应承担赔偿责任 是一致的。何况行政复议机关违反程序作出决定的行为也有可能直接对申请人合法权益造成损害。(如违法查封、扣押而复议，复议机关欠拖不决的)。复议机关在承担相应的赔偿责任后，按照《国家赔偿法》的规定可对直接责任人追偿，同时直接责任人亦应承担相应的行政处分责任。