在我国，学者们首先在有没有必要确立概念、有没有必要严格区分行政合同与民事合同的问题上，就存在着争议。有相当部分民法学者持否定态度，认为行政合同仅仅是特殊的民事合同而已，仅仅是在某些方面适用特殊的法律规则而已，由行政合同引起的纠纷完全可以由法院在民事诉讼中既适用民法规则又适用特殊法律规则来解决。学者则基本上持肯定态度，认为行政合同与民事合同尽管在某些方面有相通性，可以适用类似的规则，但二者仍然有本质上的区别，我国现有的制度尚未完全把这些本质区别反映出来，是因为相关的认识尚不成熟、规则制定比较落后，而不是因为它们不存在区别。从大陆法系的法国、德国以及普通法系的美国情况来看，行政合同确实需要与民事合同相区别，即使是在适用同一诉讼机制的普通法系国家，在理论和实践中都把行政合同视为非常特殊的领域。

虽然行政法学者普遍支持行政合同的特殊性，但是，在当前由行政机关与私方当事人签订的合同中，哪些属于行政合同、哪些属于民事合同，行政法学者尚未能达成基本一致的看法。这主要与我国现行“行政合同制度”比较混乱有关，这一制度存在着以下特点：①有关行政合同的规定都在相应的单行法律、法规之中，还没有像德国那样在统一的行政程序法中予以规定。由此，一方面，迄今为止还没有哪一部法律明确把“行政合同”这一概念规定下来，使得民法学者和行政法学者的争论在短时间内还会继续下去；另一方面，单行法律、法规只是规定行政机关和私方当事人就某项事宜可以签订合同，一般都不对合同究竟是民事合同还是行政合同给予定性，这就容易造成性质上的争论。②在单行法律、法规中，有些规定体现了行政合同的特殊性，有些则依然在应该规定特殊规则的问题上混用民事合同规则。③行政合同的救济缺少特殊性。行政法学界承认的行政合同，有的通过民事诉讼途径予以解决，有的则诉诸行政诉讼，各地没有形成统一的救济制度安排。而且，在诉诸民事诉讼途径的情况下，法官可能更多考虑适用民事合同上的原则与规则，难以发展出比较成熟的、反映行政合同特殊性的普遍原则。从司法实践看，目前唯一得到最高法院支持的是：无论行政机关与行政相对人签订什么合同，如果在合同履行过程中，行政机关利用一种强制性的权力来变更或者解除合同，或者影响合同的履行，而行政相对人对此强制性权力的行使不服而提起诉讼的，法院会把其作为行政案件，审理该权力行使所形成的的合法性。