本条第二款明确规定不适用本法的事项有两类：一是有关行政机关对其他机关人事、财务、外事等事项的审批。每一个行政机关通常都承担特定的社会管理职能，属于管理者；但同时它们也是被管理者，国家对行政机关的人、财、物等实行集中统一管理，由指定的行政机关负责审批、划拨和监督等项工作，以保障国家财政资金运转的效率，人事任用的公平，促进行政机关的协调运转。例如，每个行政部门都有自己的预算，这些预算是本级预算的组成部分，这些预算只有经财政部门批复之后，才可以执行。又如行政部门开展外事交流活动，以本部门名义谈判和签署属于本部门职权范围内事项的协定，需要会商外交部。财政、外事部门对这些事项的审批，虽然符合行政许可的一些特点，但它行使的不是一种社会管理职能，其对象是特定的行政机关，而不是非特定的公民、法人或者组织。因此，这种审批不属于行政许可，不适用本法。需要说明的是，这里的“其他机关”不仅包括了行政机关，还包括了国家权力机关、司法机关以及政党、团体等组织。二是行政机关对直属事业单位有关事项的审批。我国的法人组织中有企业、事业单位和国家机关。其中事业单位不同于企业法人，是为发展特定的事业而设立的法人组织，通常不以营利为目的，致力于发展社会公益事业。如学校、医院、科研单位和文艺团体等。由于历史的原因，我国社会公共事业和福利事业的兴办，很多都是由国家出资来兴办的，因此，我国的行政部门直接管理着一大批这样的事业单位。行政机关对这些单位进行管理，少不了要对事业单位的各种事项进行审批。由于这种审批是基于行政机关对这些单位的直接隶属关系，也就是说这些单位是国家出资兴办的，国家授权特定的行政部门来进行管理。这种审批权来源于国家出资，来源于资金划拨，不同于行政机关对一般性社会事务的管理，因此不属于行政许可，不适用本法。
        四、其他不具有行政许可性质，不适用本法的有关事项
        除了本条明确规定不适用本法的行为外，在实践中还有一些容易同行政许可、行政审批相混淆，但不具有行政许可特征的行政行为。这些行政行为也不适用本法，主要有：
        一是内部审批行政行为，亦即上级行政机关基于行政隶属关系对下级行政机关有关请示报告事项的审批。在行政管理中，下级行政机关经常就工作中的一些重要计划、规划、决策以及贯彻执行法律、法规和国家方针政策中的问题请示上级国家机关，由上级国家机关予以审查批准。这种审查批准，是一种内部行政法律关系，是行政机关内部上下级领导关系的一种体现，不同于作为外部行政法律关系的行政许可，因此这种审批不适用本法。当然，在上级对下级报批事项的审批中，有一些是下级行政机关受理的公民、法人或者其他组织的申请，按照管理权限，经本级行政机关审查提出意见后，报上级审批。这种审批属于行政许可决定程序中的一个环节，应当适用本法。
        二是处置财产权利的审批，如行政机关以出资人的身份对国有企业资产处置等事项的审批。这种审批是因为资产所有权而产生的，行使的是所谓“老板权”。国家将国有资产处置的审批，由于交由行政机关去审批，发生了主体的竞合。这时的行政机关具有双重身份，既是行政管理机关，又是国有资产所有者的代表。它在对国有资产处置进行审批时，是作为所有者的代表在履行职责，因此不属于行政许可。这里如果不分清其中的法律关系，就容易混淆两种审批的性质。随着国有资产管理体制的深化，这种审批区别于行政许可的特点将越来越明显。就全国而言，国务院设立国有资产管理委员会，作为其特设机构，负责国有资产的管理。国有资产管理委员会不属于行政机关，对国有企业有关事项的审批，当然不属于行政许可。
        三是行政机关确认财产权利及其他民事关系的登记。我国的登记种类很多，概括起来是两类：一类是确认登记，主要包括产权登记、抵押登记、结婚登记、收养登记、个人身份登记、特定事实登记等，不属于行政许可。这类登记属于事后程序，是保护和确认登记人的权利，而不是重新赋予其权利。在这类登记中，行政机关行使的不是行政管理权，而是以第三人的身份出现，起证实和确认作用。另一类是设立、开业登记。设立法人登记的实质是取得民事权利能力，取得行为能力。因此设立、开业登记都是行政许可。