办理土地证是否需要与公路局有关系

前些年购买了一套商业门面房，有房产证，并告知土地证为总大证，需分割，4年前开发商（当地冷藏厂经理）联合费用，说要办理土地证，未果。现在我想办理的时候，中间人（当时的经理）告知土地局要求与公路局签订协议，因房子与公路距离过短不够50米，以后面临拆迁问题。协议大体为一旦拆迁，赔偿费用由公路局决定，我们无权决定。个人认为土地是我们自己的，办理土地证与公路局无关。想咨询一下土地局这种做法是否合理。